带大陆性气候，全境属典型的大陆性气候，高山区随海拔高度增加大陆性气候加剧，南北温差较大。全境属典型的大陆性气候。大部分降水集中在冬、春季，夏、秋季节气候干燥。1月平均气温－2℃～2℃；7月平均气温为23℃～30℃。年降水量150～250毫米。帕米尔山西部终年积雪，形成巨大的冰河。
